В сентябре 2006 года ГИИП запустил большую программу по информационной безопасности, в рамках которой проводятся тренинги для представителей НПО, журналистов и правозащитников. Программа была поддержана Институтом Открытого Общества, HIVOS, Фондом Сорос-Кыргызстан и Демократической Комиссией.

Цель программы: усиление знаний и практических навыков среди гражданского общества в области информационной безопасности. Более 400 человек по всей Центральной Азии получили новые знания по системам информационной безопасности, защите от несанкционированного вмешательства и злоупотребления в информационных системах организаций.

Программа направлена на удовлетворение следующих потребностей:

1. Усиление знаний в области политики: то есть действия, направленные на активизацию неправительственных организаций в процессе формирования новых нормативных актов, касающихся защиты персональной информации, информационной безопасности и так далее.
2. Усиление технологических знаний: проведение тренингов для руководителей и сотрудников неправительственных организаций Кыргызстана, журналистам, политическим активистам,  работающих в области прав человека, а также внедрение в практику  “безопасного применения компьютеров”.
3. Создание ресурсов различных технических инструментов, которые участники могут использовать для обеспечения информационной безопасности.

Оба аспекта – совершенствование использования технологий и повышение уровня понимания политики об информационной безопасности выполняются  параллельно.

В рамках программы были разработаны учебные материалы по информационной безопасности, способы и методы для применения технологий НПО, занимающимися вопросами прав человека.

Также регулярно проводятся тренинги для обучения технических навыкам и повышения знаний сотрудников НПО, круглые столы, консультации неправительственным организациям по различным вопросам информационной безопасности в целях обеспечения адекватной реакции гражданского общества на те или иные инициативы парламента и правительства.